Walaupun tidak bisa dilihat tapi kita masih bisa mendapatkan dan mengumpulkannya dengan cara sederhana dan tidak perlu laboratorium lengkap dengan peralatan canggihnya. Mikroorganisme dapat ditemukan dimana-mana, terutama pada bahan organik. Mereka hidup disekitar atau di bawah tempat yang teduh dan memakan sisa-sisa bahan organik. Seperti halnya banyak ditemukan di bawah akar pohon bambu. Mengapa? Karena pohon bambu mengeluarkan getah manis yang merupakan bahan makanan utamanya. Untuk memperolehnya bisa melakukan cara sebagai berikut:
Masak nasi sedikit keras (air dikurangi), letakkan dalam wadah kayu atau plastik dengan ketebalan tidak lebih dari 7 cm, tutup dengan kertas dan kubur di bawah pohon bambu selama 3 hari. Setelah 3 hari, campur nasi dengan irisan gula merah dengan perbandingan berat 1:1, lalu aduk sampai tercampur rata dan gula merah benar-benar telah hancur. Peras campuran tersebut hingga ada cairan lengket yang keluar. Sebelum dimanfaatkan, sebaiknya cairan disimpan di tempat sejuk dan terlindung dari sinar mata hari.
Untuk menggunakannya cairan harus diencerkan dulu dengan air. 1 bagian cairan dicampur dengan 1.000 bagian air. Baru disemprotkan ke tanaman atau disiramkan ke tanah.
Bisa juga digunakan untuk mempercempat dalam pembuatan kompos atau pelapukan sisa tanaman. Kita harus mencampur cairan yang telah diencerkan tadi dengan dedak padi hingga mempunyai kelembaban 50%. Tutupi campuran dedak dengan jerami setebal 1 cm. Setelah 7-10 hari, aduk (campur) lagi dengan bahan kompos atau sisa tanaman.
Cara lain untuk mengumpulkan mikroorganisme yaitu dengan sistem fermentasi sari tanaman. Bahan yang diperlukan hanya sayur-sayuran dan daun-daunan atau batang pisang serta irisan gula merah. Sayuran, daun atau batang pisang diambil sebelum matahari muncul atau sebelum embun pagi hilang, karena embun pagi sangat sesuai untuk aktifitas mikroorganisme. Sayuran jangan dicuci, langsung saja dicincang menjadi 3-5 bagian. Kalau batang pisang dipotong-potong kira-kira menjadi 2 cm. Campuran bahan yang dibutuhkan sekitar 6 kg lalu bagi menjadi dua bagian. Letakan bagian pertama dalam wadah tanah liat (gerabah), campur dengan 1 kg gula lalu padatkan. Ambil bagian yang satunya lagi dan campurkan juga dengan 1 kg gula. Masukkan dalam wadah yang sama dan tekan hingga padat. Paling atas taburi dengan gula 1 kg. Di atas lapisan gula diberi plastik yang telah diisi air lalu tutup rapat wadah dengan kertas dan pastikan, semut tidak bisa masuk kedalamnya. Setelah 1 hari ambil plastik berisi air dan tutup kembali wadah tersebut. Campuran ini sudah siap digunakan apabila sudah 5-7 hari, tentunya dengan memeras dan mengambil cairannya terlebih dahulu. Disarankan untuk tidak mencampur berbagai macam sayuran karena setiap sayuran menghasilkan mikroorganisme yang berbeda.
Salah satu kegunaanyanya untuk menyiram sayuran dari mulai pembenihan sampai masa panen. Tetapi sebelum digunakan campur dulu dengan air dengan perbandingan 1:500. Cairan ini juga berguna sebagai perangsang pertumbuhan tanaman, untuk melapukkan bahan organik dalam tanah, perbaikan kualitas tanah dan mendorong kehidupan mikroorganisme dalam tanah.